Intorno all'anno Mille (950-1115) nell'antico territorio di San Clemente ebbe origine il nobile casato dei conti Cesi di Modena. Petrus de Zesis aveva la propria residenza stabile in un castello circondato da una vasta corte nei pressi della Cappella di San Clemente, nonché la proprietà di tutto il territorio a levante del canale Naviglio, compreso quello che del futuro Borgo della Bastia. Queste due località fino alla seconda metà del 1400 ebbero la denominazione di "Sancte Clementis De Cesis" e "Bastia De Cesis" di cui restano i toponimi odierni "San Clemente" e "Bastiglia". Il casato si estinse nell'anno 1838. Nella seconda metà del XIV secolo il fiume Panaro fu immesso nel canale Naviglio e furono edificati i Borghi della Bastia e di Buonporto, adibiti a luoghi di guardia, riparo e deposito, pesca e anche di culto presso la cappella dedicata a san Nicola di Mira, protettore dei naviganti.