I primi insiedamenti nella zona del Comune di San Prospero risalgono all'epoca Romana introno al I secolo a.C. Con la crisi e la caduta dell'impero Romano d'Occidente, si avviò in queste zone un declino di vaste proporzioni che soltanto con l'arrivo dei Longobardi si assistette ad una ripresa economica. Durante i secoli altomedievali in tutta Italia sorsero castelli o “castra”, pievi, corti e monasteri. Di rilievo, in particolare, il ruolo dei monasteri, che si rivelarono decisivi nell'organizzazione dei territori di loro competenza e nella creazione di insediamenti a loro soggetti. Durante il XIV sec. si registrò un nuovo calo demografico in conseguenza di pestilenze ed epidemie; catastrofica fu la Grande peste o "peste nera" scoppiata in tutta Europa nel 1348. Diventò Comune nel 1858 quando il comune di Mdena decise di procedere alla formazione di nuove comunità.