La zona di Marzabotto è abitata da tempi molto antichi. Sul suo territorio vi è una acropoli etrusca (da alcuni identificata con l'antica Misa, mentre da altri identificata con Cainua o Kainua, nota fin dal 1550. Il centro abitato di Marzabotto si è sviluppato in tempi relativamente recenti.



Durante la Seconda guerra mondiale, il paese fu teatro e vittima della Strage di Marzabotto (29 settembre 1944), perpetrata dai nazisti. Marzabotto è quindi tra le Città decorate al Valor Militare per la Guerra di Liberazione. Fu la conformazione del territorio a facilitare la formazione su queste montagne di una brigata partigiana e la posizione strategica dell’area, nel contesto della Seconda Guerra Mondiale, ad accrescere l’importanza e l’incidenza della sue azioni. Con l’avvicinamento del fronte il territorio di Marzabotto divenne di particolare interesse per l’occupante tedesco che nel 1944 attuò fra Setta e Reno la più grande strage nazista in Italia. Da allora il Comune è divenuto simbolo dell’opposizione ad ogni forma di violenza e portavoce di una cultura di libertà, democrazia e pace in Italia e nel mondo.