Il monte più elevato di San Benedetto Val di Sambro è il monte Bastione, seguito dal monte dei Cucchi. Nel mezzo del territorio comunale si trovano le valli del Sambruzzo e del Sambro, che dà il nome al Comune. La fauna è caratterizzata dalla presenza di molti animali selvatici, sia di piccola taglia, come le lepri e i fagiani, sia di taglie maggiori, come cinghiali e cervi. Di grande rilevanza la presenza di alcuni rapaci rari. Un momento diffice per il comune è stato il 23 dicembre 1984 quando nei pressi della stazione di San Benedetto Sambro-Castiglione Pepoli esplose una bomba sul treno rapido 904 Napoli-Milano pieno di passeggeri in gran parte in viaggio per le vacanze natalizie, causando 17 morti e 267 feriti.